建元二年，二月，苻坚最终宣布了对樊世的最终处置，首先刺王杀驾是不能否认的事实，但是念在樊世对国家是有功劳的，苻坚下旨只是削去樊世姑臧侯的爵位，将其阖府上下迁往云中居住，不加以诛杀，这种处置博得了天下一致好评，都认为苻坚是仁慈宽厚之主。
但是对于跟樊世相交深厚的氐人贵族，苻坚还是没有表态，既没有处罚，也没有宽宥之意，反而在樊世案后不久雷霆出击动用检司处置了几家跟樊世谈不上多亲近的氐贵，这让观望着的氐贵惴惴不安，苻坚手里的刀悬在他们的脑袋上，不知道何时会掉下来。
不久后，苻坚秘密召阳平王苻融入宫，兄弟二人密谈了很久，没人知道他们谈了什么，但是出来后不久苻融就在朝堂上为被牵扯的氐贵求情，苻坚则也顺势赦免了之前被抓捕的几家氐贵，这让茫然无措的残存氐贵似乎看到了希望，纷纷给苻融递去橄榄枝，苻融也不避嫌，全部接受了这些氐贵的橄榄枝，于是短时间内，苻融的旗号吸引了大量的氐贵投效，俨然已经成为了氐贵的代言人。
这当然是苻坚设计好的，他就是要扶苻融上位，苻融忠于自己，现在自己扶他成为氐贵的领袖，那么氐贵残存的力量也会顺势为他所用，此外王猛也乐见其成，苻融对王猛的观感很好，这也使得氐贵一改之前对汉人门阀的敌对态度，反而开始向汉人门阀靠拢，苻坚王猛再吸收了氐贵的势力后，朝野再没有能抵制改革的力量了，苻坚终于可以彻底放开手来干他想干的事情了。
第一刀就是砍向军制，建元二年二月十四，苻坚正式下诏，宣布取缔私兵制度，禁止豪强修筑坞堡，同时限制各府部曲数量，苻坚跟王猛规定只能有爵位的人才能拥有部曲，其中各自有比例，王公级别不能超过五百人，侯爵不能超过两百人，伯爵不能超过一百人，其余皆不允许豢养部曲，此外所豢养的部曲必须在朝廷登记造册，并且户部还会专门征收“部曲税”即每个部曲必须向朝廷上交高昂的“赎身税”才能合法充当部曲。
这道旨意再也没人能反对了，朝廷之中的大臣已经被苻坚几次高明的手段操持下打的抬不起头了，地方上的豪强有邓羌虎视眈眈的盯着，也不敢轻举妄动，只能乖乖解散自家的部曲，而苻坚则指示顺势收编各家各户的部曲，将他们充入秦军，这些人可是精锐中的精锐啊，因为这一系列的操作，让秦军的战斗力和基层组织力上了一个台阶。
处理完部曲的问题，苻坚又下旨在秦国设置大将军府，置中军大将军一人，主管攻伐之事，其余骠骑将军，车骑将军全部充入大将军府听调，此外还置左右总参军各一人，左右司马各一人，全权负责粮秣调度，还有军队作战的规划计划，一切军事行动要过大将军府下发诸军，诸军必须按照大将军府的意思执行不能有丝毫怠慢，大将军府的职能之大连丞相皇帝都不能干涉其战略规划，实际上已经成为了秦国的总参谋部了，这也使得在日后的作战中秦军表现出了出色的战略规划能力。
此外，苻坚下旨彻查秦国的军事情况，他必须要清楚秦国现在的武装力量的水平，秦军现在拥有常备军四万左右，其中虎贲军一万人，羽林一万五千人，而龙骧也扩充到了一万五千人左右，其中虎贲是纯步卒，而羽林则拥有秦国全部的骑兵部队，大概在一万人左右，龙骧则就更杂一点，轻重步兵都有，而除了三卫之外还有征召兵，这个数量很难统计，但是倾国之力拉出十余万是没有问题的，征召兵苻坚是不打算作为主力了。
龙骧羽林虎贲在苻坚看来也臃肿了，于是苻坚下令拆分龙骧，虎贲羽林将三卫的兵马削减到各自八千人，只留定额两万四千人，而且三卫将拥有成体系的军队，弓箭手，步卒，骑兵按照特定的比例分配，每卫设置中郎将一人，主管一卫之军，中郎将又分设左右参军，参理军务，而这两万四千人全部授田。
除掉调整三卫精锐外，苻坚将多出来的一万六千人全部进行整编，当初在并州作战结束过后，苻坚觉得宿卫军作用不大于是下旨解散了宿卫军，毕竟宿卫军是募兵，他们经济要求太高了，可是回来跟邓羌王猛讨论过后，王猛邓羌都倾向于使用宿卫军，王猛建议苻坚道“宿卫虽然靡费众多，但是贵在精锐，精卒五千足可破农兵三万，朝廷财力不支可以先成建制，再慢慢填充。”
苻坚深以为然，所以这一万六千人苻坚分为了鹰扬，龙武，金吾，天策，神策，左右神威，左右神武等九卫，当然其待遇战斗力就完全不如前三卫，前三卫是全部授田，后九卫是酌情授田，且多以募兵为主，所以后人也习惯将后面九卫兵称为“下九卫”“募九卫”当然最普遍的称呼还是直接统称后九卫为“宿卫军”。
另外苻坚手里还有一些部族军，这些包括一些还在建制外的氐人的“野军”一些姚苌手里的羌军，还有铁弗匈奴的匈奴骑兵，这些部族军往往是以部落为单位，苻坚也不想去整编这些部落的军队，他将这些部族军队的指挥权划给了单于台，由李威统领，同时擢拔刘悉勿祈为单于台尚书令，姚苌为单于台中书令，入赞单于台机宜。
苻坚的整编是很有成效的，一直凌乱不堪的秦军军制在苻坚的整顿下，变得非常清晰了起来，而大将军府的设置也是一个军事上的创新，当然刨掉这些，苻坚还效仿后世的军事法庭概念宣布将军人的司法审判权独立，军人的司法审判将交给大将军府处置，地方不得过问，之前的龙骧五法也得到了扩充，苻坚将其扩大到了十六条之多，明确规定了常备军人的基本职业操守，婚姻制度，赏罚制度等等。
做完这些，自然战功卓著的邓羌被苻坚提拔为中军大将军，兼御史中丞，本来苻坚有意给邓羌爵位的，但是被邓羌固辞不受，邓羌多么聪明的人啊，苻坚日后必然要大用他，现在给爵位以后就功高难赏了，所以邓羌坚持拒绝了苻坚的赏赐，无奈苻坚只能下令修缮邓羌父母，和祖宗邓禹坟墓，此外三卫亲军苻坚分别交给了，张蚝，吕光跟梁成，这三人也就构成了秦国军界的二梯队，苟池则调为太尉，不过现在太尉的职能更多只是军事训练跟募兵了，杨安，郭庆这些人全部安排到下九卫去出任中郎将，朱肜苻坚本来也想重用，但是朱肜坚决不敢，宁愿去羽林当都尉，苻坚无奈只能答应了。
比较倒霉的就是苻雅，因为苻坚介怀他跟苻法的关系，最后只得了个荡寇将军的杂号，连李威都为此愤愤不平。
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